富营养化水体底层堆积的.有机物质在厌氧条件下分解产生的有害气体，以及一些浮游生物产生的生物毒素(如石房蛤毒素)也会伤害水生动物。
富营养化水中含有亚硝酸盐和硝酸盐，人畜长期饮用这些物质含量超过一定标准的水，会中毒致病等等。
水体富营养化，常导致水生生态系统紊乱，水生生物种类减少，多样性受到破坏。
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